აღმოსავლეთ ევროპის უნივერსიტეტის სტრუქტურა და შესაბამისი სტრუქტურული ერთეულების უფლება-მოსილება ეფუძნება ორგანიზაციის მართვის თანამედროვე სტანდარტებს, უზრუნველყოფს უნივერსიტეტის მიერ დეკლარირებული მისიისა და მიზნების თანმიმდივრულ და ეფექტურ რეალიზებას.
აღმოსავლეთ ევროპის უნივერსიტეტის ძირითადი ადმინისტრაციული სტრუქტურული ერთეულები:
- საფინანსო და მატერიალური რესურსების მართვის დეპარტამენტი;
- სასწავლო პროცესის მართვისა და უწყვეტი განათლების დეპარტამენტი;
- ხარისხის უზრუნველყოფის სამსახური;
- ფაკულტეტი;
- სამეცნიერო კვლევებისა და სტრატეგიული განვითარების სამსახური;
- კვლევითი ცენტრი;
- საგამოცდო ცენტრი;
- საერთაშორისო ურთიერთობების სამსახური;
- კანცელარია;
- ადამიანური რესურსების მართვისა და სამართლებლივი უზრუნველყოფის სამსახური;
- საზოგადოებრივი აქტივობებისა და კომუნიკაციის სამსახური;
დეტალური ინფორმაცია იხ. ბმულზე