EEU-ს ხარისხის უზრუნველყოფის სისტემა გამოიყენება უნივერსიტეტის საქმიანობის საუკეთესო შედეგების მიღწევაში. EEU- ში უზრუნველყოფილია ხარისხის შეფასება მუდმივად და სისტემურად და შედეგებზე დაფუძნებით შესაბამისი რეაგირება.
EEU-ს ხარისხის უზრუნველყოფის სისტემის მიზანია დაეხმაროს საუნივერსიტეტო საზოგადოებას და მის წევრებს ხარისხის მართვის ჩარჩოს შემუშავებაში; ხელი შეუწყოს უნივერსიტეტის მისიის და მიზნების მიღწევას და დანერგოს ეროვნული და საერთაშორისო საგანმანათლებლო სტანდარტები უნივერსიტეტში, რისთვისაც EEU ახდენს: ხარისხის სტანდარტების განსაზღვრას; ხარისხის სტანდარტებთან შესაბამისობის შეფასებას და ხარისხის გაუმჯობესებას.
EEU-ს ხარისხის უზრუნველყოფის სისტემა ეფუძნება გარე მარეგულირებელ ჩარჩოს – საქართველოს კანონს „უმაღლესი განათლების შესახებ“, საქართველოს კანონს „განათლების ხარისხის განვითარების შესახებ“, აკრედიტაციისა და ავტორიზაციის სტანდარტებს, Quality Assurance Agency-ის სტანდარტებს, Standards and guidelines for Quality Assurance in the European Higher Education Area (ESG), სტანდარტს ISO 21001:2018 საგანმანათლებლო დაწესებულებების მართვის სისტემები (EOMS). უნივერსიტეტის შიდა მარეგულირებელ დოკუმენტებს; ითვალისწინებს უნივერსიტეტის მისიასა და სტრატეგიას.
ხარისხის უზრუნველყოფის სისტემის, მათ შორის თავად სისტემის გაუმჯობესებაზე მიმართული მექანიზმების გამოყენება, ორიენტირებულია სტუდენტების, პერსონალის თუ სხვა დაინტერესებული პირების კმაყოფილებაზე და უზრუნველყოფს, რომ შეთავზებული მომსახურება შეესაბამებოდეს მათ მოთხოვნებს.
EEU-ში დანერგილი ხარისხის უზრუნველყოფის სისტემა ემსახურება ინსტიტუციის მდგრადი წარმატების მიღწევას.